В конце XVI века в России наблюдалось оживление внутренней и внешней торговли. Возросшие поступления иностранного (талерного) серебра на государственные монетные дворы (в Москве, Новгороде и Пскове) привели к увеличению объёма монетной чеканки. Фактический правитель России (но ещё не царь) Борис Годунов (1551-1605) решает усилить государственный контроль за расходом серебра и выпуском монеты. Около 1595 года, по его инициативе создаётся Денежный приказ – центральное ведомство, руководящее монетной чеканкой в стране. Новый орган становился единым центром денежного производства в России. Функции его возложили на Московский денежный двор. И тогда из тесных палат на Варварке монетный двор перенесли в Кремль.
С этого началась история Кремлёвского денежного двора.
Более-менее точное местоположение его можно встретить в дошедших источниках, начиная лишь со второй половины XVII века, то есть через десятки лет после переезда в Кремль. Так в документе 1699 года, содержащем результаты обследования «ветхостей Старого денежного двора, что в Кремле», указывается, что ДЕНЕЖНЫЙ ДВОР РАСПОЛОЖЕН НА БОРОВИЦКОЙ УЛИЦЕ, ВБЛИЗИ БОРОВИЦКИХ ВОРОТ КРЕМЛЯ, НА ОТКОСЕ БЕРЕГА, СПУСКАЮЩЕГОСЯ К РЕКЕ.
Двор продолжал чеканку общерусской монеты по образцу, установленному денежной реформой Елены Глинской 1535-1538 гг. Тогда же на копейках московского выпуска появился первый «фирменный» знак Московского денежного двора. Обозначение его располагалось на лицевой стороне, под всадником, и неоднократно менялось. Например, оно известно в виде двух больших литер – «МО»/«ОМ», появившихся ещё на копейках Бориса Годунова в 1598-1605 годах.
Однако по-настоящему стилизованным фирменным знаком считается большая литера «М» с как бы вписанной в её верхнюю часть маленькой «о», расположенной прямо над косыми перекладинами. «Фирменный знак» впервые возник на копейках того же Годунова.

Во время польско-шведской интервенции Москва (как и Кремль, и денежный двор) была захвачена польско-литовскими войсками. За два года оккупации (1610-1612) находчивые завоеватели успели наладить выпуск легковесной монеты русского типа. После освобождения Москвы некоторое время денежный двор не работал, заново открывшись осенью 1613 года. На московских копейках Михаила Фёдоровича (первого из рода Романовых) слово «МОСКВА» теперь красовалось полностью, правда, с разделением в две строки.

В 1654 году в Москве открылся ещё один монетный двор. Возникший в ходе денежной реформы 1654-1663 годов царя Алексея Михайловича, он носил звучное название – Новый Московский Английский денежный двор. Несмотря на появление нового, прежний Кремлёвский денежный двор продолжил работу. Но с этого момента за ним прочно закрепилось название «Старый денежный двор». В тот год на Старом (Кремлёвском) денежном дворе, или как тогда говорили: «Старом денежном дворе, что в Кремле» были выпущены золотые наградные монеты (1/4 угорского) для служилых людей и новых подданных Русского государства после присоединения Левобережной Украины (1654).

В следующих 1655 и 1656 годах проводились надчеканы «ефимков» (иоахимсталеров): на поступающие европейские талеры ставилось два клейма: круглое, «копеечное», с изображением всадника, и прямоугольное, с датой «1655». После этой процедуры, надчеканенные «ефимки» пускались в оборот по цене 64 копейки.

Денежная реформа предприимчивого Алексея Михайловича таила немало сюрпризов. Один из них заключался в выпуске копеек из медной проволоки, по оформлению и технике чеканки аналогичных серебряным.
С сентября 1655 года все денежные дворы, бывшие на тот момент в государстве, включая и два московских, принялись усердно чеканить медную «чешую».

Копейки Старого денежного двора (в Кремле) помечены «фирменным знаком» – литера «М» с вписанной в её верхнюю часть буквой «о». Но дизайнерские уловки, увы, не спасли от кровавого «Медного бунта» (1662).

В июне 1663 года Новый Московский Английский денежный двор, одновременно с другими «медного денежного дела дворами», было велено закрыть, а «старый денежный серебряного дела двор на Москве завести». То есть теперь Старый Московский денежный двор на несколько десятилетий оставался единственным в Российском государстве и прекратил свою работу уже во время проведения Государем Петром I денежной реформы (конец XVII – начало XVIII века).